COMPETIÇÃO
A Competição Oficial de Longas e Curtas-Metragens do IndieLisboa 2006 é composta por filmes nunca antes apresentados publicamente em Portugal e terminados em 2005 ou 2006. A esta secção competitiva concorrem filmes de ficção, animação, documentários ou obras experimentais, e que sejam primeiras e segundas obras.

OBSERVATÓRIO
O Observatório, composto por Longas e Curtas-Metragens, é um radar no qual serão apresentados filmes que, não podendo integrar a competição oficial (seja porque são anteriores às datas de selecção, porque já passaram noutras manifestações cinematográficas em Portugal, ou porque já foram comprados para Portugal), são obras essenciais no panorama do cinema independente contemporâneo. A esta secção competitiva concorrem filmes de ficção, animação, documentários ou obras experimentais.

LABORATÓRIO
Os novos territórios do cinema. Um espaço para arriscar. Aqui serão exibidos filmes de realizadores que trabalham em absoluta liberdade.

INDIEJÚNIOR
Secção competitiva especialmente dedicada aos mais novos.

HERÓI INDEPENDENTE
Esta retrospectiva é dedicada aos que trabalham em prol de um cinema totalmente livre de pré-conceitos e preconceitos, livre de indústrias pesadas e mercados autistas, livres, sobretudo, de resultados imediatos.

PROGRAMAS ESPECIAIS
- Filme de abertura
- Filme de encerramento
- Director's Cut
- IndieMusic
- 90 Anos de Curtas Suecas
- Programa Gulbenkian Criatividade e Criação Artística